ATCC菌種保藏的重要意義就在于盡可能保持其原有性狀和活力的穩定，確保菌種不死亡、不變異、不被污染，以達到便于研究、交換和使用等諸方面的需要。ATCC菌種保藏的目的是微生物在使用和傳代過程中容易發生污染、變異甚至死亡，因而常常造成菌種的衰退，并有可能使優良菌種丟失。
ATCC菌種保藏無論采用何種保藏方法，首先應該挑選典型菌種的優良純種來進行保藏，保藏它們的休眠體，如分生孢子、芽孢等。其次，應根據微生物生理、生化特點，人為地創造環境條件，使ATCC菌種微生物長期處于代謝不活潑、生長繁殖受抑制的休眠狀態。這些人工造成的環境主要是干燥、低溫和缺氧，另外，避光、缺乏營養、添加保護劑或酸度中和劑也能有效提高保藏效果。
ATCC菌種保藏的方法多樣化：
1、斜面低溫保藏法
將ATCC菌種接種在適宜的斜面培養基上，待菌種生長*后，置于4℃左右的冰箱中保藏，每隔一定時間（保藏期）再轉接至新的斜面培養基上，生長后繼續保藏，如此連續不斷。此法廣泛適用于細菌、放線菌、酵母菌和霉菌等大多數微生物菌種的短期保藏及不宜用冷凍干燥保藏的ATCC菌種。放線菌、霉菌和有芽孢的細菌一般可保存6個月左右，無芽孢的細菌可保存1個月左右，酵母菌可保存3個月左右。如以橡皮塞代替棉塞，再用石蠟封口，置于4℃冰箱中保藏，不僅能防止水分揮發、能隔氧，而且能防止棉塞受潮而污染。這一改進可使ATCC菌種的保藏期延長。
該法的優點是簡便易行，容易推廣，存活率高，故科研和生產上對經常使用的ATCC菌種大多采用這種保藏方法。其缺點是菌株仍有一定程度的代謝活動能力，保藏期短，傳代次數多，ATCC菌種較容易發生變異和被污染。
2、石蠟油封藏法
此法是在無菌條件下，將滅過菌并已蒸發掉水分的液體石蠟倒入培養成熟的ATCC菌種斜面（或半固體穿刺培養物）上，石蠟油層高出斜面頂端lcm，使培養物與空氣隔絕，加膠塞并用固體石蠟封口后，垂直放在室溫或4℃冰箱內保藏。使用的液體石蠟要求無毒，化學純規格，其滅菌條件是：150～170℃烘箱內滅菌lh；或121℃高壓蒸汽滅菌60～80min，再置于80℃的烘箱內烘干除去水分。
ATCC菌種由于液體石蠟阻隔了空氣，使菌體處于缺氧狀態下，而且又防止了水分揮發，使培養物不會干裂，因而能使保藏期達1～2年，或更長。這種方法操作簡單，ATCC菌種適于保藏霉菌、酵母菌、放線菌、好氧性細菌等，對霉菌和酵母菌的保藏效果較好，可保存幾年，甚至長達10年。但對很多厭氧性細菌的保藏效果較差，尤其不適用于某些能分解烴類的ATCC菌種。
3、砂土管保藏法
這是一種常用的長期保藏ATCC菌種的方法，適用于產孢子的放線菌、霉菌及形成芽孢的細菌，對于一些對干燥敏感的細菌如奈氏球菌、弧菌和假單胞桿菌及酵母則不適用。
ATCC菌種制作方法是，先將砂與土分別洗凈、烘干、過篩(一般砂用60目篩，土用120目篩)，按砂與土的比例為(1～2)：1混勻，分裝于小試管中，砂土的高度約1cm，以121℃蒸汽滅菌1～1.5h，間歇滅菌3次。50℃烘干后經檢查無誤后備用。也有只用砂或土作載體進行保藏的。ATCC菌種需要保藏的菌株先用斜面培養基充分培養，再以無菌水制成108～1010個/ml菌懸液或孢子懸液滴入砂土管中，放線菌和霉菌也可直接刮下孢子與載體混勻，而后置于干燥器中抽真空約2～4h，用火焰熔封管口(或用石蠟封口)，置于干燥器中，在室溫或4℃冰箱內保藏，后者效果更好。
